Krajinu po tisíce rokov formovali veľké bylinožravce - kopytníky, ktoré vytvorili pestrú mozaiku biotopov. Neskôr lúky a otvorené plochy využíval na pastvu človek. Posledných niekoľko desaťročí sa v Moravských luhoch nepáslo. Opustené pasienky a nekosené lúky rýchlo zarastajú, čím zaniká priestor pre druhy, ktoré sú na ne naviazané. Typickým príkladom je zaujímavo sfarbený vták dudok chochlatý (Upupa epops). Pastva v nivnej krajine bola obnovená vďaka projektom zameraným na ochranu prírody.

Od roku 2015 sa v území obnovili rozľahlé pastviny, kde sa pasie konik poľský. Ide o staré plemeno koňa pôvodom z Poľska (v poľštine znamená „malý kôň“), ktoré je veľmi blízke príbuznému vyhynutému európskemu divému koňovi. Je dokonale prispôsobené drsným podmienkam v záplavovej oblasti. Pokojné kone žijú celoročne priamo v areáli bocianej kolónie a stretnúť ich môžete na okružnom turistickom chodníku.

Hlavným lákadlom rezervácie je stromová kolónia bocianov bielych (Ciconia ciconia) neďaleko zámku, ktoré môžeme pozorovať úplne zblízka. Tvorí ju okolo 50 hniezd. Pôvodný výber hniezdiska na veľkých, starých stromoch (duby a jasene) je jedinečný pre celú strednú Európu. V dôsledku úbytku vlhkých lúk sa bocian biely stal v mnohých oblastiach vzácnym. Bociany z rezervácie využívajú na získavanie potravy najmä rozsiahle vlhké lúky na slovenskej strane rieky Moravy, aj na Devínskom jazere.

V nivách Moravy a Dyje sa nachádzajú najvýznamnejšie lužné lesy v Európe, niektoré časti luhu môžu byť v tomto území zaplavené až do 90 dní v roku. Veľkú časť územia, až 860 ha, tvoria lužné lesy. Najbližšie k rieke rastú typické dreviny mäkkého lužného lesa, vŕby a topole. Vo väčšej vzdialenosti od tokov sú už pôdy suchšie, hladina podzemnej vody leží hlbšie a k záplavám dochádza len zriedka. Častejšie sa tu vyskytuje zamokrenie pôd zdvihnutou podzemnou vodou. Prevládajú dreviny tvrdého lužného lesa - dub letný, jaseň štíhly a úzkolistý, brest poľný a ďalšie druhy. Nivnú krajinu však nepokrýva výlučne les, je tvorená mozaikou lesa, trstinových porastov, krovín a lúk.

V Moravských luhoch pre Marcheggu môžeme pozorovať aj zaplavované lúky, pre ktoré je charakteristické striedanie záplav a suchých období počas roka. Spoločnou črtou je však výskyt typickejpálčivky žilkatej ( Cnidium dubium), ako aj ďalších rarít, napr. plamienka celistvolistého (Clematis integrifolia). Lúky využívajú aj druhy vtákov hniezdiacich na lúkach, ako napríklad vzácny chrapkáč poľný (Crex crex). V zníženinách, ktoré sú počas určitých období roka naplnené vodou, rastú rastliny ako kosatec žltý (Iris pseudacorus), ježohlav (Sparganium sp.), či početné druhy ostríc (Carex sp.). Sú tiež dôležitými miestami na rozmnožovanie kuniek a mlokov.

V rezervácii nájdete aj tzv. mŕtve drevo - odumierajúce, alebo už odumreté stromy . Využíva ich veľké množstvo vtákov, netopierov, hmyzu a húb. Poskytuje im nielen potravu, ale aj skrýšu. Mŕtve drevo alebo kmene zasahujúce do vody poskytujú úkryt najmä počas záplav a pre mnohé druhy rýb sú miestom na získanie potravy. Patrí k nim napríklad čík európsky (Misgurnus fossilis). Je to malá podlhovastá ryba, obývajúca bahnisté dno stojacich alebo pomaly tečúcich vôd.

Rezervácia je jedným z veľkých úspechov rakúskej ochrany prírody. V súčasnosti je klenotom Dolného Rakúska, jedným z najdôležitejších záplavových území v Európe a ponúka útočisko stovkám ohrozených druhov rastlín aj živočíchov.